Banderas sinh ngày 10 tháng 8 năm 1960, tại Andalusian city of Málaga, bởi Jose Domínguez Prieto (1920–2008) một sĩ quan cảnh sát trong Đội bảo vệ dân sự và Ana Bandera Gallego (1933-2017), một giáo viên [1][2]. Ông có một anh/em trai tên Francisco Javier [2].Khi còn là một đứa trẻ, ông muốn trở thành một cầu thủ bóng đá chuyên nghiệp cho đến khi một bàn chân bị gãy làm tan biến ước mơ của ông ở tuổi mười bốn. Ông tỏ ra thích thú với nghệ thuật biểu diễn và thành lập một phần của Nhà hát ARA do Ángeles Rubio-Argüelles y Alessandri (vợ của nhà ngoại giao, nhà văn và đạo diễn phim Edgar Neville) điều hành và Đại học Nghệ thuật Sân khấu, cả hai đều ở Málaga. Công việc của ông trong nhà hát, và những buổi biểu diễn của ông trên đường phố, cuối cùng đã đưa ông đến một vị trí với Nhà hát Quốc gia Tây Ban Nha [3].